102体目のケミーを捜索して、新たなケミーの開発をしているというラボを訪れたライダー達。そこにはサビー先輩の兄もいた。しかし兄弟の関係は微妙な様で。しかも所長とグリオン（復活）との関係も怪しくて。

そこでマルガム出現。元のケミーは開発中の代物だが、所長をマルガム化した。これを倒してケミーを回収したが異変が…。

映画の公開も近づいてきましたな。

賢者の石の欠片を持つニジゴンが消えてしまい、探すが…ニジゴンは自分に出来るとことを見つけるまで帰らないつもりだ。ニジゴンが出会った少女の出場する筈のダンスフェス会場でアカデミー一行と再会する。

一方暗黒の力を使えとそそのかされる仮面ライダーヴァルバラド。ギギストからジェルマンを倒せと言われ、ジェルマンとの戦闘に加わる。6人ライダーの力でジェルマンを倒すが、アトロポスは父グリオンを復活させた。りんねとの関係はどうなる？

ギギストは死んでない。さらに2体の冥黒王も出現。ジェルマンにガエリア。ギギストと合せて三位一体らしい。

一方でケミーは錬金連合へ返還命令が出て。

アトロポスは九堂に父が狙われていると告げる。その場に急行するライダー一行は三冥黒王の前に一旦退却。三冥黒王は今の所バラバラだが、いずれ合体する？

クロトーはラケシスを取り戻そうと、アトロポスは父の仇、ジェルマンを狙って動く？

しかし鉄鋼で変身するラケシスと黒装するクロトーが激突。割って入る仮面ライダーヴァルヴァラドだが。

死にかけていたケミーもニジゴンで復活して皆で大喜び。

ラケシスを仲間に戻そうというアトロポス。さらに強化したクロトーが乱入して三姉妹が混乱状態。グリオン復活を目指すアトロポスとで内部分裂？

ケミーの創造主を名乗るギギストが、マルガムになる事こそ進化というが、それを否定する宝太郎。ケミーだけで錬成した仮面ライダー2体を引き連れてギギストを倒した。が、予告だと冥黒王は3人だった？

ケミー101体をコンプしたが。

錬金連合組織の再生に乗り出すミナト先生はこの先どう動くか。

自分の殻という卵の中で名も無き卵（タマゴンと命名）と会話する宝太郎は元の世界に戻ることを選んだ。101体目の新たなケミー、ニジゴンとレインボーガッチャードに変身。

落ち込む九堂は蓮華に叱咤されて復活するが、一瞬ラケシスが励ますのかと思いましたよ。

ホッパー1他も復活し、ケミー101体のコンプまであと2体。

マルガムを倒した事でスケボーのケミーまで…。ギギストに倒すとケミーまで滅ぶ錬成をされたのだ。動揺する宝太郎。宝太郎をホットケーキで励ます母。

蟻のケミーがマルガム化されるが攻撃できない宝太郎。

ホッパー1は物語の中に登場する花を求めて単独行動に出たが、これがマルガム化されてしまう。自らの手でホッパー1を倒した宝太郎は絶望から冥黒に…染まらずに自分の殻に閉じこもってしまう。宝太郎の中にあるケミーがギギストの真の狙いなのだが…。

ラケシスを人間にするため、実験の一環でラケシスを笑わせる事になるが、不完全燃焼。

ミナト先生らが上層部に掛け合っている最中に冥黒王ギギスト登場。ヴァルヴァラドが対決するが人間の考えを全て読めるため攻撃が通用しない。

さらにギギストが宝太郎に接触。ケミーを造ったというギギストがスケボーなケミーをマルガム化。これを倒してしまう…。

何故かガッチャードと決別するレジェンド。

ハンドレッドはドゥームズクロックでこの世界を破壊する事を選択。

そこへ冥黒の王が介入しアークワンがマルガム化。なお一人で戦おうとするレジェンドにくっついていくガッチャード。二人で変身してゴージャスが分身？してライダーキックでマルガムを粉砕だ。

冥黒の王は何かを見つけて…ガルガルの卵、じゃねーよな。

仮面ライダーレジェンド登場。コンプリートフォームで（笑）。でも宝太郎はレジェンドに会った事を覚えてなくて…でも速攻思い出した。

宝太郎は補習に追われてカグヤに対応できない。目立つなと言われても目立つから大変。

仮面ライダーアークワンになったハンドレッド…の前にレジェンドとガッチャード。理解しあえた様だが、ハンドレッドの陰謀でこの世界の終わりまであと24時間！？