冒険者の里を出発する莫とねむを含む4人パーティー。ミッションはモンスターのアジトの制圧。莫はレベル7の村人Aでけん玉のパラメーターが99（笑）。背後にはノクスもコードナンバー6（継続して登場）も居るぞ。
ノクスに挑むのは変身しないコードナンバー6と新たなライダー？
ナイトメアを追うゼッツだが、複数体存在する事から、夢主が複数居ると判断。拡大する夢主全員を守れるか。
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高卒後CODEに就職？したが敵に正体がバレて解雇？、記憶を消去されていた夢主。ナイトメアの目的は記憶を思い出させること。
紅覇がエージェントと知って現実世界で会おうとする茄子（違）。それを止める富士見。一人紅覇と接触する莫。ドリームラーニングを受けていた莫と紅覇。果たして夢主を救う使命感も自分の物なのか？
悩んで謎の女性＝ザ・レディからカウンセリングを受ける莫。しかし敵にも操られない莫だが…まだ気付いてない。
ねむは自分の深層心理からナイトメアが生まれているかもしれないと気付かされる。
ナイトメアを敵と判断して尚も戦う莫。敵のロイヤルストレートフラッシュバリア（勝手に命名）を破って勝利。
紅覇は自分の扱ったブラックケースを茄子に託して去った。コードナンバー6としてベルトを受け取る？ 何時再登場するかな？
コードナンバー3から新たな指令を受ける莫。ミッションは学園生活で仲間を防衛すること。相手はデスゲームナイトメア。全校生徒を守り切れるのか？
高校の同級生で夢主と再開する茄子（違）。
再び夢の中でナイトメアと対決するゼッツにノクスが乱入してくる。夢主の紅覇は莫と同じ塾の生徒にしてCODEのエージェントだった。
パピヨンオージャーのリタ様が還ってきました。カコイイ。
戦闘中に夢から覚めた莫。見たのはゼロの残骸。さらにゼロのメモリはノクスに奪われていた。秘密基地が突き止められるのは時間の問題か？
リカバリーカプセムでバイクを復元するが、ゼロは戻らない。
看護師から4年前のねむ消失の真実が語られる。
再び夢の中に入ってノクスと対峙する莫。ナイトメアからねむを救出。ナイトメアを倒したのはノクスだった。
全てはゼロをおびき出すためにねむを囮にした策だったか。
急に体調不良に見舞われる莫。次のミッションを与える人物は…誰？
ねむのイベントに参加する夢の中で失踪したねむを覆う莫。失踪者を追跡せよというミッションなのだが、ゼロから裏切り者と呼ばれる莫。私情でノクスを逃がしたからだ。
現実世界での失踪者が続出。無人のバイクが走る現象も。
ねむ失踪の夢主は現実世界でのねむ失踪を知る看護師。
CODEの信頼を取り戻すためにミッション遂行だ。しかし赤ずきんコスのねむはナイトメアの腹の中？ さらに乱入するノクスナイトがゼロと対決。ノクスは新たなドライバーで仮面ライダーノクスに変身してゼロが敗北？
テレビくんのCMでギャバンインフィニティが、ガンバライドのCMで仮面ライダーノクスが登場。仮面ライダーノクスの登場はCMの方が僅かに早かった。
ゼロを問い詰めるてコードナンバー4だったノクスを知る。CODEは何を隠すのか。
ノクスはコードナンバー4時代のヴィジョンを見ていた。
小鷹の悪夢に踏み込む莫。でも敵はノクスではない。プラズマとブースターなカプセムでナイトメアに立ち向かいこれを倒す。そして現実世界で目覚める莫と小鷹。
現実世界でナイトメアを追う怪事課は小鷹とガッチャンコ。
ノクスの上司（？）ザ・レディ登場。
ブラックホールに飲み込まれた莫に下る新たな指令。それはノクス抹殺。
でも謎の空間から脱出できない。自らの悪夢と向き合う莫。幼い頃の莫が通った塾の講師がノクスで？
何か大切な事を消されていると考える莫は自分の悪夢を自分で片付けると決意して雷の力をゲット。プラズマなゼッツは音速を超え光速を超え？ノクスを追い詰める。
消されたのは深い闇だと語るノクス。秘密な組織CODEの闇か。
ノクスに対抗してメテオストライクを阻止するミッションを続ける莫だが、カプセムが無力化され変身が解けてしまう。さらに宇宙センターに隕石が落ちて自信喪失。怪事課ともギスギスフィーリング。
聖也に励まされるが、聖也の実家の食堂が父が倒れ閉店したと知る。宇宙飛行士になる夢を諦めないといけないのだ。再び夢の中に入り、隕石本体がナイトメアだと知る莫。
初心を思い出した莫はグラビティなカプセムでノクスとも戦い、ブラックホールに隕石を飲み込ませた。しかしゼッツはブラックホールに飲み込まれ…目が覚めない。
コードナンバー4、ノクスはゼロとガッチャンコ。
一方で兄の秘密を知った美波は目覚めない莫のためゼロと接触する。
宇宙センターで少年、聖也と出会うが、地球に隕石が接近という危機に。メテオストライク（違）を阻止せよ。
だがノクスに阻まれ第一弾が落着。48時間後の巨大隕石衝突を阻止せよ。
ノクスと小鷹の関係を話すが富士見は信じようとしない。
現実世界で聖也と会った莫は2030年に地球に隕石が落ちる確率が1％だという。
再び夢の中に入った莫だがコードの存在を告げたノクスがドライバーで銀色のゼッツに変身んっっ！ さらに壊しカプセムから出現したナイトメアを粉砕。カプセムは悪夢を叶える力だった！？
そんな中妹の美波がクローゼットの中の秘密基地に潜入してしまう。おやまぁ。
TV本編の後日談になる劇場版。
グラニュート器官を移植した影響でハンティに迫る命の期限。人間界に残っているリゼルを巻き込んで再び闇菓子を巡る戦いが…というお話。TV版よりリゼル弱くなってね？ という気もするがその分ヴァレンがパワーアップするからちょうど良い（そうか？）。
「憎しみの連鎖を止められるか」がテーマの様だが、現実の人間界ではそう簡単にいきそうにないね。