ラスボスのカオス前でセーブしたデータを残して（セーブデータを20個残せるPSPならでわ。GBAでは3個だけ）エクストラダンジョンに挑む。取りあえずは土のダンジョンから。最低4回潜らないと全ボスを倒せないのはGBA版と変わらない。ボスキャラはFFⅢに登場したモンスターなので戦闘でのBGMがFFⅢ版になっているのがGBA版と異なる所。

結果、ボス4体を倒して土のダンジョン完全クリア。次は火のダンジョンへ。