かつて大火で江戸を焼き払った百鬼は江戸を妖怪の国にしようという野望を持っていた。ついに百鬼自らが主人公＆天の邪鬼（覚醒ver）と対決。そして明かされる、天の邪鬼は百鬼の息子という事実…が実はそうではなかったという事実（ややこしいが、天の邪鬼が騙されていた）。

主人公と天の邪鬼は百鬼を倒した。が、勾玉を失って妖怪には会えなくなった。でも猫又がかつて主人公の家で飼っていた猫だと分かり、伏線回収？

最後は主人公が「大江戸もののけ物語」を書いて終わり。恋も実って勾玉も戻って再開できてハッピーエンド。